Lietuvos mokinių parlamentą sudaro šeši komitetai:

• Kultūros komitetas;
• Socialinių reikalų komitetas;
• Švietimo ir mokslo komitetas;
• Sveikatos apsaugos komitetas;
• Užsienio reikalų komitetas;
• Žmogaus teisių komitetas.

Taip pat Lietuvos mokinių parlamentas turi savo Etikos ir procedūrų komisiją, Psichiką veikiančių medžiagų prevencijos ir kontrolės darbo grupę ir taip pat viešųjų ryšių darbo grupę, kurios palaiko ir bando išlaikyti deramą LMP įvaizdį.